Landstingsfullmäktige fattar de övergripande besluten om de ekonomiska ramarna för hur sjukvården i Stockholms län ska drivas.
Hälso- och sjukvårdsnämnden beställer hälso- och sjukvård till länets invånare. Nämnden har också ett direkt ansvar för barn och ungdomars tandvård till och med året de fyller 19. Vidare ansvarar den för Landstingets tandvårdsstöd, som riktar sig till vissa grupper av vuxna.
Hälso- och sjukvårdsnämnden har också ett planeringsansvar, som ska säkerställa att länets behov av tandvård tillgodoses.
Sex programberedningar: Som ett stöd, för Hälso- och sjukvårdsnämndens uppdrag att möta befolkningens behov, finns sex programberedningar. De är i sin tur uppdelade efter medicinska områden och patientgrupper.
Programberedningarna medverkar, utifrån sina medicinska områden, i planeringen och beställningarna av hälso- och sjukvård genom att bereda ärenden till Hälso- och sjukvårdsnämnden. Beredningarna följer också upp hälso- och sjukvården inom sitt respektive medicinska område.
Upphandling och avtal: Hälso- och sjukvårdsnämnden upphandlar och träffar avtal med hälso- och sjukvårdsproducenter. Den ansvarar för ersättningssystem och valfrihetssystem. Dessutom godkänner den vårdgivare som invånare kan välja mellan.
Under nämnden finns tre geografiskt avgränsade sjukvårdsstyrelser: Norr, Stockholms stad/Ekerö och Söder. Styrelsernas presidier bildar utskott som fattar beslut kring vissa frågor.
Hälso- och sjukvårdsförvaltningen är den tjänstemannaorganisation som genomför de beslut som fattas i Hälso- och sjukvårdsnämnden och i utskotten.